Finalizando el siglo XVI, los Manrique de Lara, de la nobleza malagueña, que poseían el señorío de estos lugares desde 1508, levantaron a sus expensas la casa solariega conocida hoy por el Ingenio o Casa de los Condes. Este gran edificio, de estilo renacimiento, cuya superficie sobrepasa los dos mil metros cuadrados, se construyó en parte con materiales procedentes del castillo árabe. En la actualidad, esta enorme mansión está destinada, entre otras actividades, a la fabricación de la única miel de caña que se produce en Europa. Levantaron asimismo estos señores, también por estas fechas, la conocida como casa del Apero, destinado a granero, caballerizas y útiles de labranza. Actualmente está destinada en su parte baja a Oficina de Turismo, museo arqueológico y salón de exposiciones y en el parte alta a Biblioteca Municipal.

Concluida la expulsión de los moriscos, comenzó en todo el Reino de Granada lo que se ha dado en llamar La Segunda Repoblación que se emprendió a base de cristianos viejos procedentes de Jaén y Valencia, aunque ese proceso tuvo poca incidencia en el señorío de Frigiliana al pertenecer esas tierras a los Manrique de Lara.

Esta segunda labor repobladora en este último tercio de siglo en el que se produce una desertización del clima, la consecuente pérdida de la entonces escasa cosecha y la lógica aparición del hambre, se vio truncada por la aparición de las epidemias más virulentas que encuentran campo abonado en la inanición.

Así, en 1580 irrumpe la peste que también se presenta una epidemia de carbunco que hizo estragos en la incipiente población que ya en el año 1600 se puede estimar en 100 habitantes.

Los primeros pasos del siglo XVII estuvieron marcados igualmente por las desgracias. La destrucción de las cosechas por fuertes tormentas que se repitieron en el arranque de la centuria desembocó en nuevos periodos dominados por el hambre.

El 24 de mayo de 1640, por real cédula de Felipe IV se concedió a Frigiliana el título de Villa, independizándose, de esta forma, de la jurisdicción de Vélez-Málaga. Se creó el término municipal, se establecieron el Ayuntamiento y la Justicia y se formó el primer censo de población, que dio 160 habitantes. Frigiliana se convirtió en el primer lugar de la comarca que obtuvo la "exención de villazgo", y fue a partir del último tercio de siglo cuando comienza a organizarse social y económicamente. Buena parte de culpa de este hecho es imputable a la influencia de la Iglesia dentro de esta sociedad que comenzaba a emerger a partir de la mitad de la centuria y crecía demográficamente a pasos agigantados hasta los 500 habitantes que se registraron en el año 1700.

Por estas fechas se construyó la que hoy se conoce como Fuente Vieja, y que por aquellos entonces era la "Fuente Nueva". Construida por D. IÑIGO MANRIQUE DE LARA, quinto Señor de Frigiliana y I Conde de la Villa por el año 1640, y colocando en la misma su escudo de armas. Esta adosada al alzado posterior de una vivienda y se concibió para abastecimiento de la población y abrevadero de animales.

En 1676 se terminaron las obras del templo parroquial, costeadas por Manrique de Lara, señor de la villa, y dirigidas por el arquitecto Bernardo de Godoy. Ocupa esta construcción una superficie de seiscientos veinte metros cuadrados y, en general, es de estilo barroco.

Tiene planta de cruz latina, con ábside en el presbiterio. El cuerpo principal del edificio lo componen tres grandes naves, siendo más espaciosa la central. Más recientemente se ha modificado el retablo frontal, los tronos de algunas imágenes y se está intentando sacar a la luz algunas pinturas que en un principio tuvieron los arcos laterales.

En el siglo XVIII se hizo cargo de la parroquia D. Bernardo de Rojas y Sandoval, permaneció como cura párroco durante cuarenta y siete años; fomentó la reglamentación de las cofradías locales, hizo fundaciones de obras pías y capellanías. Era un excelente calígrafo, dejando un curioso archivo de interesantes documentos. A final de este siglo se reglamentó la cofradía de las Benditas Animas, que tenía por cometido aplicar misas por las almas de los difuntos y hacer novenas.

Los hermanos mayores más antiguos de los que se tiene referencia fueron D. Antonio Rodríguez y D. Andrés Arrabal. En 1771 se aprobó la constitución de la hermandad de Nuestra Madre y Señora de los Dolores; al año siguiente adquirió túnicas para uniformar a los hermanos, siendo la primera vez que se usaron en Frigiliana. De este siglo son la carátulas de los apóstoles que salen en las procesiones de Semana Santa.

En 1752 se inició en Frigiliana la composición del catastro llamado del Marqués de la Ensenada, que se conserva en nuestro Ayuntamiento. Como documento estadístico es de un valor incalculable, lo mismo que como obra histórica y caligráfica.
En 1767 se construyó un silo para el almacenamiento de granos en los Pósitos. Situado en lo que actualmente son las primeras casas de la calle Real en su parte izquierda.
El siglo que estaba por venir que irrumpiría con epidemias de fiebre amarilla, temblores de tierra y fuertes tormentas de granizo que destruyeron las cosechas, no podía poner freno al impulso demográfico de la villa que ya a finales de 1800 había superado con creces los 1.700 habitantes, aunque serán los próximos años del naciente periodo los que marcarán máximos históricos en este sentido.

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• La presencia árabe