Ende des 16.Jahrhunderts errichteten die Manrique von Lara, eine edle Familie aus Malaga, die seit 1508 über dieses Gebiet herrschte, auf ihre Kosten den Stammsitz, der heute unter dem Namen Ingenio oder Palast des Grafen bekannt ist. Dieses große Gebäude im Renaissancestil bedeckt eine Grundfläche von 2000 qm und wurde zum Teil mit Materialien gebaut, die vom arabischen Kastell herbeigebracht wurden. Heutzutage ist dieser enorme Palast u.a. die in Europa einzige noch bestehende Produktionsstätte für Zuckerrohrhonig. Die Herren de Lara erbauten in derselben Zeit auch die Casa del Apero, die als Getreidespeicher, Pferdestall und Geräteschuppen für Werkzeuge diente .Dort befindet sich im unteren Teil das Tourismusbüro, das archäologische Museum mit Ausstellungssaal und im oberen Teil die öffentliche Bibliothek.

Als Folge der Vertreibung der Mauren begann im ganzen  Königreich von Granada das, man die zweite Wiederbevölkerung nennt, die mit reinen Christen aus Jaén und Valencia erfolgte. Dieser Prozess hatte wenig Auswirkung auf die Herrschaft in Frigiliana, da diese Gebiete den Manrique von Lara gehörten.

Diese zweite Wiederbevölkerung im letzten Drittel des Jahrhunderts,  in welchem auch eine Versteppung durch das Klima erfolgte, bewirkte, dass nur   knappe  Ernten erzielbar waren und deshalb Hunger herrschte. Dadurch brachen ansteckende Epidemien aus, die das Land zusätzlich erschöpften.

So brach 1580 eine Beulenpestepidemie aus. Dies hatte bei der beginnenden Zunahme der Bevölkerung  Rückschläge zur Folge; im Jahr 1600 zählte man nur noch ca. 100 Einwohner.Die ersten Jahre im  17. Jahrhundert waren ebenfalls von Unbilligkeiten  geprägt. Die Zerstörung der Ernten durch starke Gewitter,  die sich am Ausgang des Jahrhunderts wiederholten, führte zu neuen Hungerperioden.Am  24. Mai 1640 erhielt Frigiliana durch eine königliche Urkunde von Philipp IV.  den Titel einer „Villa“ (Kleinstadt) und wurde somit  unabhängig vom Gerichtsbezirk von Vélez-Malaga, zu dem es bisher gehörte. Man gründete eine eigene Justiz, und es gab die erste Volkszählung, die 160 Einwohner nannte. Frigiliana entwickelte sich zum ersten Ort in der Gemarkung, der die „exención de villazgo“  (Freistellung des  Bewohners der Villa) besaß   und es begann, sich im letzten Drittel des Jahrhunderts sozial und wirtschaftlich  zu organisieren. Ein guter Anteil daran ist auf den Einfluss der Kirche zurückzuführen, unter dem die Gesellschaft  Mitte des Jahrhunderts begann, sich wieder zu regenieren und mit Riesenschritten demografisch auf  500 Bewohner anwuchs , wie im Jahr 1700 registriert wurde.

Zu dieser Zeit wurde der- wie er heute genannt wird – „ Alte Brunnen“ gebaut, für die damalige Zeit war es der „Neue Brunnen“. Er wurde von D. Iñigo Manrique de Lara , dem V. Herrn von Frigiliana und I. Conde de la Villa im Jahr 1640 erbaut. Auf dem Brunnen ist  sein Wappen angebracht. Er wurde an ein abgerissenes Wohnhaus angelehnt und diente dazu, die Bevölkerung mit Trinkwasser zu versorgen; für die Tiere war er eine Wassertränke.

1676  wurden die Arbeiten an der Pfarrkirche beendet, die von Manrique de Lara, Herr de la Villa finanziert und vom Architekten Bernardo de Godoy geleitet wurden. Die Konstruktion bedeckt eine Oberfläche von 620 qm und ist im Barockstil errichtet.

Der Grundriss ist in Form eines lateinischen Kreuzes mit einer Apsis und einem Presbyterium. Den Hauptkörper des Bauwerks tragen drei große Schiffe, die die Mitte geräumig machen. Vor kurzem wurden das Retabel an der Stirnseite und die Throne einiger Heiligenfiguren verändert, und man begann, einige Malereien freizulegen, die anfangs die seitlichen Bögen schmückten.

Im 18. Jahrhundert hatte D. Bernardo de Rojas y Sandoval die Verantwortung für die Pfarrei, er war 47 Jahre Pfarrer. Er stellte die Regeln für die lokalen Bruderschaften auf und gründete Hilfswerke und Kaplanstellen. Er war ein exzellenter Kalligraf und hinterließ ein Archiv mit interessanten Dokumenten. Am Ende dieses Jahrhunderts wurde die Bruderschaft „der Gesegneten Seelen“ gegründet, die den Auftrag hatte, Messen für die Verstorbenen zu lesen und Novenen abzuhalten.

Die ältesten Brüder, die wir durch einen Hinweis kennen, waren D. Antonio Rodriguez und D. Andrés Arrabal. 1771 wurde die Bruderschaft „Unsere Mutter und Mutter der Schmerzen“ gegründet, im folgenden Jahr erwarb man Umhänge, um die Brüder einheitlich zu kleiden. Es war das erste Mal, dass man solche in Frigiliana benutzte. Aus diesem Jahrhundert stammen die Masken der Apostel, die in den Prozessionen in der Karwoche mitgeführt werden.

1752 wurde in Frigiliana damit begonnen, ein Kataster anzufertigen, das vom Marqués de la Ensada ins Leben gerufen wurde und in unserem Rathaus aufbewahrt wird. Dieses statistische Dokument ist von unschätzbarem Wert, sowohl als historisches wie auch kalligrafisches Werk.

Im Jahr 1767 wurde ein Silo gebaut, um das Getreide zu speichern, der öffentliche Getreidespeicher. Er befindet sich auf der linken Seite, wo heutzutage die ersten Häuser in der Calle Real stehen.

Das Jahrhundert wurde durch das Ausbrechen von Gelbfieberepidemien , Erdbeben und starken Hagelschauern, die die Ernte zerstörten, heimgesucht. Dies bremste nicht die demografische Entwicklung der Villa , die Ende 1800 auf 1700 Bewohner angewachsen war. Die nächsten Jahre dieser Epoche gingen am meisten in die Geschichte ein.