Frigiliana hat muselmanische Wurzeln, die sich in der Anlage des Dorfes mit seinen engen Gassen und Winkeln widerspiegeln. In der Geschichte Spaniens war Frigiliana zur Zeit der Vertreibung der Mauren sehr wichtig. Das Dorf bietet eine der authentischsten Demonstrationen maurischer Architektur in Spanien: sein maurisches Viertel oder „Barrio Alto“

Frigiliana ist seit 3000 v.Chr. bewohnt. In diesem Ort siedelten sich Phönizier und Römer an. Sie bauten eine Festung und gaben ihr den Namen, unter dem der Ort bekannt wurde und der „ Eigentum oder Hof von Frexenius“ bedeutet. Dennoch beginnt der Ursprung des Dorfes, wie wir ihn Ende des 9. Jahrhunderts oder Anfang des 10. Jahrhunderts finden, mit dem Bau der Burg (sie ist heute zerstört), wo sich nach und nach ringsherum verschiedene Häuser gruppierten. Dieser Ort war bekannt als „ Hins Challana“ in der Kalifenzeit und als Fixmiana in der nasridischen Epoche.

Como tantas otras villas de la Almijara y las cercanas Alpujarras, la actividad económica principal de Frigiliana era la producción de sedas, acompañada de la de aceite, uvas o higos.

Wie viele andere Dörfer in der Almijara und in den nahen Alpujarras war der Haupterwerbszweig in Frigiliana die Seidenproduktion, daneben die Gewinnung von Öl und der Anbau von Trauben und Feigen.
Durch den Fall des Königreichs Granada blieb die Bevölkerung während der Regentschaft der Katholischen Könige muselmanisch, und ihr Lebensstil änderte sich nicht wesentlich.

Dennoch verschlechterte sich das Zusammenleben zwischen den unterworfenen Mauren und den herrschenden Christen nach und nach immer mehr. Die Mauren mussten hohe Steuern bezahlen und ihr religiöses und soziales Leben wurde stark eingeschränkt. Als Folge davon erhoben sich die Mauren von Frigiliana wie der Rest der Bevölkerung im Königreich gegen die königliche Autorität.

Die Festungsanlage und der Peñon von Frigiliana beherrschten die Sierra de Almijara. Der Zugang zum Ort war schwierig und hatte daher eine gute Verteidigungsmöglichkeit. Es erstaunt also nicht, dass sich dorthin 1569 eine große Gruppe rebellierender Mauren flüchtete und eine bedeutende Schlacht stattfand. Die Truppen von Luis de Requesens gewannen, die Mauren wurden von ihrem Land vertrieben und über die Halbinsel verstreut; Frigiliana wurde dann sogenannten reinen Christen bevölkert.

Während des 17. Jahrhunderts erlitt Frigiliana eine Periode der Stagnation und hatte eine Bevölkerung von wenig mehr als 100 Personen. Im Mai 1640 wurde D. Iñigo Manrique de Lara zum Grafen von Frigiliana ernannt. Durch die Vertreibung der Mauren wurde die Seidenproduktion aufgegeben, es wurde dann hauptsächlich Zuckerrohr angebaut, von dem noch das Ingenio zeugt, ein Gebäude aus dem 16. Jahrhundert. Aus dieser Epoche stammen noch Gebäude wie der Palast del Apero oder die Kirche San Antonio.

Unter der Regierung von Philipp IV. erhielt die Bevölkerung den Titel einer „ Villa“ (Kleinstadt) und einige Jahre später, gegen Ende des 19. Jahrhunderts wurden mehr als 3000 Einwohner gezählt.